S povídkami a básněmi debutoval v roce 1964 na stránkách studentského literárně politického časopisu Dialog, který spoluzakládal a redigoval. Byl spoluzakladatelem kulturních akcí Pražský knižní majáles (dosud 13. ročníků) a Zeyerovy Vodňany (dosud 11. ročníků). Za svou literární tvorbu obdržel čestné uznání nakladatelství Práce (1986), cenu Masarykovy akademie umění (1995), autorskou cenu nakladatelství MOBA Brno (2002), cenu nakladatelství Akcent Třebíč (2003 a 2004) a Zeyerův hrnek (2007).
Jan Bauer je autorem na osm desítek publikací z oblasti literatury faktu a historické beletrie.
Knižně debutoval v roce 1978 populárně naučnou publikací
Uživí naše planeta lidstvo?, Praha, Albatros 1978.
výběrová bibliografie:
Záhady českých dějin I. - V., Brno, MOBA 2000 - 2002.
Husitské války – povržená legenda, Praha, Otakar II. 2000.
Než vznikl český stát – historie začala masakrem, Praha 2001. Podivné konce českých panovníků, Třebíč, Akcent 2001.
Podivné konce českých panovnic, Třebíč, Akcent 2002.
Podivné konce Habsburků a jejich příbuzných, Třebíč, Akcent, 2003.
Tajemné počátky českých dějin I., II., Třebíč, Akcent 2003, 2004.
Magická místa Čech a Moravy, Brno, MOBA 2004.
Sex v dějinách, Třebíč, Akcent 2003.
Vládci českých zemí. Historie panovnického trůnu Čech a Moravy, Praha, Beta 2004.
Klasikové v nedbalkách. Za kulisami českého 19. století, Brno MOBA 2006.
Jako člen autorského kolektivu spolupracuje na desetisvazkovém projektu Toulky minulostí světa 1 - 8, Praha, Via facti 2000-2006.
Příležitostně se věnuje také psaní detektivek a v poslední době rovněž historických románů:
Tajemství královnina zpovědníka, Brno, MOBA 2006.
Kat hejtmana Žižky, Brno, MOBA 2006.
Záhada kamene mudrců, Brno, MOBA 2007.
Ve stínu pětilisté růže, Brno, MOBA 2007.